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Publications emblématiques

DetecDiv, a generalist deep-learning platform for automated cell division tracking and survival analysis

Théo Aspert, Didier Hentsch, Gilles Charvin. eLife, (2022) - DOI: 10.7554/eLife.79519

Dans ce travail, nous avons utilisé l'apprentissage profond pour classifier des séquences d'images de croissance de levures individuelles piégées dans des cavités microfluidiques pour quantifier de manière automatisée leurs divisions successives.

Nous avons montré que notre méthode d'analyse permet de mesurer de manière très précise la durée de vie réplicative des cellules, ou leur survie en réponse à un stress environnemental. Cette méthode, très générale, puisqu'elle fonctionne très bien sur plusieurs géométries de pièges et de conditions d'imagerie, ouvre la voie à des études plus systématiques des mécanismes qui contrôlent l'entrée en sénescence cellulaire.

 

Monitoring single-cell dynamics of entry into quiescence during an unperturbed life cycle

Jacquel Basile, Aspert Théo, Laporte Damien, Sagot Isabelle, Charvin Gilles. eLife, 10:e73186, (2021) - DOI: 10.7554/eLife.73186

Dans cette étude, nous avons développé un système microfluidique permettant de suivre l'entrée en quiescence de cellules individuelles de levure exposées à une déplétion progressive des nutriments causée par la croissance d'une population. Nous avons utilisé des marqueurs fluorescents pour caractériser la dynamique de la réorganisation de la cellule au cours des différentes phases lors de l'entrée en phase stationnaire. Notre méthodologie révèle l'émergence d'une hétérogénéité de destins cellulaires, certaines cellules étant incapables d'entrée en respiration après le diauxic shift.

 

Excessive rDNA transcription drives the disruption in nuclear homeostasis during entry into senescence in budding yeast

Morlot S, Song J, Léger I, Matifas A, Gadal O, Charvin G. Cell Rep, (28)2:408-422, (2019) - DOI: 10.1016/j.celrep.2019.06.032

Dans ce travail, nous avons mesuré la dynamique de l'entrée en séensecence dans des cellules individuelles de levure. En particulier, nous avons démontré expérimentalement que les mini-cercles d'ADN ribosomiques extra-chromosomaux (ou ERCs), qui sont étroitement associées au vieillissement chez la levure, s'accumulent exponentiellement bien avant que que les cellules entrent en sénescence et conduisent à une accumulation massive d'ARN ribosomique dans le nucléole et de dysfonctionnements nucléaires majeurs. Nos expériences permettent ainsi de construire un scénario temporel quantitatif conduisant à l'entrée en sénescence.

2022

Left-right asymmetry in oxidative stress sensing neurons in C. elegans.
Quintin S, Charvin G.
MicroPubl Biol. (2022) - DOI: 10.17912/micropub.biology.000652. eCollection 2022.

Distinct mechanisms underlie H2O2 sensing in C. elegans head and tail
Quintin Sophie, Aspert Théo, Charvin Gilles
PLOS One, (2022) - DOI: 10.1371/journal.pone.0274226

DetecDiv, a deep-learning platform for automated cell division tracking and replicative lifespan analysis
Théo Aspert, Didier Hentsch, Gilles Charvin
eLife, (2022) - DOI: 10.7554/eLife.79519

A Microfluidic Platform for Tracking Individual Cell Dynamics during an Unperturbed Nutrients Exhaustion
Théo Aspert, Basile Jacquel, Gilles Charvin
Bio Protoc (2022) - DOI: 10.21769/BioProtoc.4470

Nuclear Pore Complex Acetylation Regulates mRNA Export and Cell Cycle Commitment in Budding Yeast
Mercè Gomar-Alba, Vasilisa Pozharskaia, Celia Schaal, Arun Kumar, Basile Jacquel, Gilles Charvin, J. Carlos Igual, Manuel Mendoza
EMBO J, (2022) - DOI: 10.15252/embj.2021110271

DNA circles promote yeast ageing in part through stimulating the reorganization of nuclear pore complexes
Anne C. Meinema*, Anna Marzelliusardottir*, Mihailo Mirkovic*, Théo Aspert, Sung Sik Lee, Gilles Charvin, Yves Barral
eLife, 11:e71196, (2022) - DOI: 10.7554/eLife.71196

2021

Monitoring single-cell dynamics of entry into quiescence during an unperturbed lifecycle
Jacquel Basile, Aspert Théo, Laporte Damien, Sagot Isabelle, Charvin Gilles
eLife, 10:e73186, (2021) - DOI: 10.7554/eLife.73186

Increased levels of mitochondrial import factor Mia40 prevent the aggregation of polyQ proteins in the cytosol
Anna M Schlagowski, Katharina Knöringer, Sandrine Morlot, Ana Sánchez Vicente, Tamara Flohr, Lena Krämer, Felix Boos, Nabeel Khalid, Sheraz Ahmed, Jana Schramm, Lena M Murschall, Per Haberkant, Frank Stein, Jan Riemer, Benedikt Westermann, Ralf J Braun, Konstanze F Winklhofer, Gilles Charvin, Johannes M Herrmann
EMBO J, (2021) - DOI: 10.15252/embj.2021107913

A trade-off between stress resistance and tolerance underlies the adaptive response to hydrogen peroxide
Jacquel Basile, Matifas Audrey, Charvin Gilles
bioRxiv, (2021) - DOI: 10.1101/2021.04.23.440814

2019

Proteostasis collapse halts G1 progression and delimits replicative lifespan
Moreno D F, Jenkins K, Morlot S, Charvin G, Csikász-Nagy A, Aldea M
eLife, 8:e48240, (2019) - DOI: 10.7554/eLife.48240

Excessive rDNA transcription drives the disruption in nuclear homeostasis during entry into senescence in budding yeast 
Morlot S, Song J, Léger I, Matifas A, Gadal O, Charvin G 
Cell Rep, (28)2:408-422, (2019) - DOI: 10.1016/j.celrep.2019.06.032

COSPLAY: An expandable toolbox for combinatorial and swift generation of expression plasmids in yeast 
Goulev Y, Matifas A, Heyer V, Reina-San-Martin B, Charvin G
PLoS ONE, 14(8): e0220694, (2019) - DOI: 10.1371/journal.pone.0220694

Self-Learning Microfluidic Platform for Single-Cell Imaging and Classification in Flow
Constantinou I, Jendrusch M, Aspert T, Görlitz F, Schulze A, Charvin G, Knop M.
Micromachines, 10: 311, (2019) - DOI: 10.3390/mi10050311

2018

Adaptation to DNA damage checkpoint in senescent telomerase-negative cells promotes genome instability 
Coutelier H, Xu Z, Morisse MC, Lhuillier-Akakpo M, Pelet S, Charvin G, Dubrana K, Teixeira MT. 
Genes Dev., 1;32(23-24):1499-1513, (2018) - DOI: 10.1101/gad.318485.118

Multiple inputs ensure yeast cell size homeostasis during cell cycle progression  
Garmendia-Torres, C., Tassy, O., Matifas, A., Molina, N., Charvin, G.
eLife, 7:e34025, (2018) - DOI: 10.7554/eLife.34025

Controllable stress patterns in microfluidic devices
Goulev, Y., Matifas, A. , Charvin, G.
Methods Cell Biol., 147:29-40, (2018) - DOI: 10.1016/bs.mcb.2018.07.003

2015

Two routes to senescence revealed by real-time analysis of telomerase-negative single lineages
Xu Z, Fallet E, Paoletti C, Fehrmann S, Charvin G, Teixeira MT
Nature Comm., 6:7680, (2015) - DOI: 10.1038/ncomms8680

Oscillatory Flow Modulates Mechanosensitive klf2a Expression through trpv4 and trpp2 during Heart Valve Development
Heckel E, Boselli F, Roth S, Krudewig A, Belting HG, Charvin G, Vermot J. 
Curr Biol., 25(10):1354-61, (2015) - DOI: 10.1016/j.cub.2015.03.038

A quantitative approach to study endothelial cilia bending stiffness during blood flow mechanodetection in vivo
Boselli F, Goetz JG, Charvin G, Vermot J. 
Methods Cell Biol., 127:161-7, (2015) - DOI: 10.1016/bs.mcb.2015.01.006

In silico control of biomolecular processes
Uhlendorf J, Miermont A, Delaveau T, Charvin G, Fages F, Bottani S, Hersen P, Batt G. 
Methods Mol Biol., 1244:277-85, (2015) - DOI: 10.1007/978-1-4939-1878-2_13

2014

A memory system of negative polarity cues prevents replicative aging  
Meitinger F, Khmelinskii A, Morlot S, Kurtulmus B, Palani S, Andres-Pons A, Hub B, Knop M, Charvin G, Pereira G 
Cell, 159(5):1056-69, (2014) - DOI: 10.1016/j.cell.2014.10.014

Endothelial Cilia Mediate Low Flow Sensing during Zebrafish Vascular Development
Goetz JG, Steed E, Ferreira RR, Roth S, Ramspacher C, Boselli F, Charvin G, Liebling M, Wyart C, Schwab Y, Vermot J. 
Cell Rep, 6(5):799-808, (2014) - DOI: 10.1016/j.celrep.2014.01.032

2013

Aging yeast cells undergo a sharp entry into senescence unrelated to the loss of mitochondrial membrane potential
Fehrmann S, Paoletti C, Goulev Y, Ungureanu A, Aguilaniu H, Charvin G. 
Cell Rep, 5(6):1589-99, (2013) - DOI: 10.1016/j.celrep.2013.11.013

Pulse propagation by a capacitive mechanism drives embryonic blood flow
Anton H, Harlepp S, Ramspacher C, Wu D, Monduc F, Bhat S, Liebling M, Paoletti C, Charvin G, Freund JB, Vermot J. 
Development, 140(21):4426-34, (2013) - DOI: 10.1242/dev.096768

Comparison of DNA decatenation by Escherichia coli topoisomerase IV and topoisomerase III: implications for non-equilibrium topology simplification. 
Seol Y, Hardin AH, Strub MP, Charvin G, Neuman KC. 
Nucleic Acids Res., 41(8):4640-9, (2013) - DOI: 10.1093/nar/gkt136