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DetecDiv, a generalist deep-learning platform for automated cell division tracking and survival analysis

Théo Aspert, Didier Hentsch, Gilles Charvin. eLife, (2022) - DOI: 10.7554/eLife.79519

Dans ce travail, nous avons utilisé l'apprentissage profond pour classifier des séquences d'images de croissance de levures individuelles piégées dans des cavités microfluidiques pour quantifier de manière automatisée leurs divisions successives.

Nous avons montré que notre méthode d'analyse permet de mesurer de manière très précise la durée de vie réplicative des cellules, ou leur survie en réponse à un stress environnemental. Cette méthode, très générale, puisqu'elle fonctionne très bien sur plusieurs géométries de pièges et de conditions d'imagerie, ouvre la voie à des études plus systématiques des mécanismes qui contrôlent l'entrée en sénescence cellulaire.

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Monitoring single-cell dynamics of entry into quiescence during an unperturbed life cycle

Jacquel Basile, Aspert Théo, Laporte Damien, Sagot Isabelle, Charvin Gilles. eLife, 10:e73186, (2021) - DOI: 10.7554/eLife.73186

Dans cette étude, nous avons développé un système microfluidique permettant de suivre l'entrée en quiescence de cellules individuelles de levure exposées à une déplétion progressive des nutriments causée par la croissance d'une population. Nous avons utilisé des marqueurs fluorescents pour caractériser la dynamique de la réorganisation de la cellule au cours des différentes phases lors de l'entrée en phase stationnaire. Notre méthodologie révèle l'émergence d'une hétérogénéité de destins cellulaires, certaines cellules étant incapables d'entrée en respiration après le diauxic shift.

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Excessive rDNA transcription drives the disruption in nuclear homeostasis during entry into senescence in budding yeast

Morlot S, Song J, Léger I, Matifas A, Gadal O, Charvin G. Cell Rep, (28)2:408-422, (2019) - DOI: 10.1016/j.celrep.2019.06.032

Dans ce travail, nous avons mesuré la dynamique de l'entrée en séensecence dans des cellules individuelles de levure. En particulier, nous avons démontré expérimentalement que les mini-cercles d'ADN ribosomiques extra-chromosomaux (ou ERCs), qui sont étroitement associées au vieillissement chez la levure, s'accumulent exponentiellement bien avant que que les cellules entrent en sénescence et conduisent à une accumulation massive d'ARN ribosomique dans le nucléole et de dysfonctionnements nucléaires majeurs. Nos expériences permettent ainsi de construire un scénario temporel quantitatif conduisant à l'entrée en sénescence.

2022

Left-right asymmetry in oxidative stress sensing neurons in C. elegans.<br/> Quintin S, Charvin G.<br/> MicroPubl Biol. (2022) - DOI: 10.17912/micropub.biology.000652. eCollection 2022.

Distinct mechanisms underlie H2O2 sensing in C. elegans head and tail<br/>Quintin Sophie, Aspert Théo, Charvin Gilles<br/> PLOS One, (2022) - DOI: 10.1371/journal.pone.0274226

DetecDiv, a deep-learning platform for automated cell division tracking and replicative lifespan analysis<br/> Théo Aspert, Didier Hentsch, Gilles Charvin<br/> eLife, (2022) - DOI: 10.7554/eLife.79519

A Microfluidic Platform for Tracking Individual Cell Dynamics during an Unperturbed Nutrients Exhaustion
Théo Aspert, Basile Jacquel, Gilles Charvin
Bio Protoc (2022) - DOI: 10.21769/BioProtoc.4470

Nuclear Pore Complex Acetylation Regulates mRNA Export and Cell Cycle Commitment in Budding Yeast<br/> Mercè Gomar-Alba, Vasilisa Pozharskaia, Celia Schaal, Arun Kumar, Basile Jacquel, Gilles Charvin, J. Carlos Igual, Manuel Mendoza<br/> EMBO J, (2022) - DOI: 10.15252/embj.2021110271

DNA circles promote yeast ageing in part through stimulating the reorganization of nuclear pore complexes<br/> Anne C. Meinema*, Anna Marzelliusardottir*, Mihailo Mirkovic*, Théo Aspert, Sung Sik Lee, Gilles Charvin, Yves Barral<br/> eLife, 11:e71196, (2022) - DOI: 10.7554/eLife.71196

2021

Monitoring single-cell dynamics of entry into quiescence during an unperturbed lifecycle<br/> Jacquel Basile, Aspert Théo, Laporte Damien, Sagot Isabelle, Charvin Gilles<br/> eLife, 10:e73186, (2021) - DOI: 10.7554/eLife.73186

Increased levels of mitochondrial import factor Mia40 prevent the aggregation of polyQ proteins in the cytosol<br/> Anna M Schlagowski, Katharina Knöringer, Sandrine Morlot, Ana Sánchez Vicente, Tamara Flohr, Lena Krämer, Felix Boos, Nabeel Khalid, Sheraz Ahmed, Jana Schramm, Lena M Murschall, Per Haberkant, Frank Stein, Jan Riemer, Benedikt Westermann, Ralf J Braun, Konstanze F Winklhofer, Gilles Charvin, Johannes M Herrmann<br/> EMBO J, (2021) - DOI: 10.15252/embj.2021107913

A trade-off between stress resistance and tolerance underlies the adaptive response to hydrogen peroxide<br/> Jacquel Basile, Matifas Audrey, Charvin Gilles<br/> bioRxiv, (2021) - DOI: 10.1101/2021.04.23.440814

2019

Proteostasis collapse halts G1 progression and delimits replicative lifespan<br/> Moreno D F, Jenkins K, Morlot S, Charvin G, Csikász-Nagy A, Aldea M<br/> eLife, 8:e48240, (2019) - DOI: 10.7554/eLife.48240

Excessive rDNA transcription drives the disruption in nuclear homeostasis during entry into senescence in budding yeast <br/> Morlot S, Song J, Léger I, Matifas A, Gadal O, Charvin G <br/> Cell Rep, (28)2:408-422, (2019) - DOI: 10.1016/j.celrep.2019.06.032

COSPLAY: An expandable toolbox for combinatorial and swift generation of expression plasmids in yeast <br/> Goulev Y, Matifas A, Heyer V, Reina-San-Martin B, Charvin G<br/> PLoS ONE, 14(8): e0220694, (2019) - DOI: 10.1371/journal.pone.0220694

Self-Learning Microfluidic Platform for Single-Cell Imaging and Classification in Flow<br/> Constantinou I, Jendrusch M, Aspert T, Görlitz F, Schulze A, Charvin G, Knop M.<br/> Micromachines, 10: 311, (2019) - DOI: 10.3390/mi10050311

2018

Adaptation to DNA damage checkpoint in senescent telomerase-negative cells promotes genome instability <br/>Coutelier H, Xu Z, Morisse MC, Lhuillier-Akakpo M, Pelet S, Charvin G, Dubrana K, Teixeira MT. <br/>Genes Dev., 1;32(23-24):1499-1513, (2018) - DOI: 10.1101/gad.318485.118

Multiple inputs ensure yeast cell size homeostasis during cell cycle progression  <br/> Garmendia-Torres, C., Tassy, O., Matifas, A., Molina, N., Charvin, G.<br/> eLife, 7:e34025, (2018) - DOI: 10.7554/eLife.34025

Controllable stress patterns in microfluidic devices<br/> Goulev, Y., Matifas, A. , Charvin, G.<br/> Methods Cell Biol., 147:29-40, (2018) - DOI: 10.1016/bs.mcb.2018.07.003

2015

Two routes to senescence revealed by real-time analysis of telomerase-negative single lineages<br/> Xu Z, Fallet E, Paoletti C, Fehrmann S, Charvin G, Teixeira MT<br/> Nature Comm., 6:7680, (2015) - DOI: 10.1038/ncomms8680

Oscillatory Flow Modulates Mechanosensitive klf2a Expression through trpv4 and trpp2 during Heart Valve Development<br/> Heckel E, Boselli F, Roth S, Krudewig A, Belting HG, Charvin G, Vermot J. <br/> Curr Biol., 25(10):1354-61, (2015) - DOI: 10.1016/j.cub.2015.03.038

A quantitative approach to study endothelial cilia bending stiffness during blood flow mechanodetection in vivo<br/> Boselli F, Goetz JG, Charvin G, Vermot J. <br/> Methods Cell Biol., 127:161-7, (2015) - DOI: 10.1016/bs.mcb.2015.01.006

In silico control of biomolecular processes<br/> Uhlendorf J, Miermont A, Delaveau T, Charvin G, Fages F, Bottani S, Hersen P, Batt G. <br/> Methods Mol Biol., 1244:277-85, (2015) - DOI: 10.1007/978-1-4939-1878-2_13

2014

A memory system of negative polarity cues prevents replicative aging  <br/> Meitinger F, Khmelinskii A, Morlot S, Kurtulmus B, Palani S, Andres-Pons A, Hub B, Knop M, Charvin G, Pereira G <br/> Cell, 159(5):1056-69, (2014) - DOI: 10.1016/j.cell.2014.10.014

Endothelial Cilia Mediate Low Flow Sensing during Zebrafish Vascular Development<br/> Goetz JG, Steed E, Ferreira RR, Roth S, Ramspacher C, Boselli F, Charvin G, Liebling M, Wyart C, Schwab Y, Vermot J. <br/> Cell Rep, 6(5):799-808, (2014) - DOI: 10.1016/j.celrep.2014.01.032

2013

Aging yeast cells undergo a sharp entry into senescence unrelated to the loss of mitochondrial membrane potential<br/> Fehrmann S, Paoletti C, Goulev Y, Ungureanu A, Aguilaniu H, Charvin G. <br/> Cell Rep, 5(6):1589-99, (2013) - DOI: 10.1016/j.celrep.2013.11.013

Pulse propagation by a capacitive mechanism drives embryonic blood flow<br/> Anton H, Harlepp S, Ramspacher C, Wu D, Monduc F, Bhat S, Liebling M, Paoletti C, Charvin G, Freund JB, Vermot J. <br/> Development, 140(21):4426-34, (2013) - DOI: 10.1242/dev.096768

Comparison of DNA decatenation by Escherichia coli topoisomerase IV and topoisomerase III: implications for non-equilibrium topology simplification. <br/> Seol Y, Hardin AH, Strub MP, Charvin G, Neuman KC. <br/> Nucleic Acids Res., 41(8):4640-9, (2013) - DOI: 10.1093/nar/gkt136