L’équipe utilise les méthodes classiques de génétique moléculaire de la levure (transformation, croisements, etc.) pour générer des souches mutantes (dégron auxine dépendant, mutants conditionnels, expression conditionnelle) et marqueurs fluorescents (sondes ratiométriques redox ou pH, protéines de fusion, timer fluorescent, etc.).
Nous disposons de 4 microscopes inversés à épifluorescence avec platine motorisée pour imager les cellules par intervalle de 3 à 20 minutes sur des durées allant jusqu’à environ 100h. De cette manière, on peut capturer la vie réplicative entière d’une cellule de sa naissance à sa mort (Aspert et al. 2022), ou bien les transitions métaboliques qui se produisent dans des cellules individuelles lorsque la croissance d’une population consomme l’intégralité des ressources disponibles (Jacquel et al. 2021).
Nous utilisons le logiciel open source Micromanager pour le pilotage des microscopes et l’acquisition des données et des scripts à façon pour assurer la robustesse du processus. Typiquement, nous pouvons imager environ 60 champs de vue distincts avec 3 canaux d’acquisition par intervalle de 10 minutes.
Nous développons nous-mêmes nos systèmes de microfluidique en PDMS . Pour cela, nous fabriquons sur place des moules patternés par lithographie « douce » en utilisant des dépôts de résine SU-8 sur plusieurs couches grâce à un aligneur de masque UV Kub3. Nous avons mis en place au laboratoire un micro-environnement blanc pour réaliser ces échantillons.
Nous développons également des pièces mécaniques par impression 3D à filament (Prusa) et à stéréolithographie (Formlabs) après design avec l’aide du logiciel Fusion360. Enfin, nous réalisons nos propres contrôleurs de température et électrovannes à partir de composant électronique et électrofluidiques simples grâce à l’écosystème Arduino.
Nous avons développé au fur et à mesure des projets successifs plusieurs pipelines d’analyse et d’exploration de données dont vous trouverez les liens ci-dessous.
DetecDiv est un logiciel pour suivre le devenir de nombreuses cellules dans des contextes variés, détecter automatiquement leurs divisions, mesurer leur volume, la fluorescence, etc. Mettant à profit l'apprentissage profond et le calcul parallèle, il peut être adapté à de nombreuses applications et types de cellules. Il inclut également une interface graphique et un ensemble de fonctions pour la visualisation de données, l'annotation manuelle, la production de graphiques et l'exportation (figures, vidéos...).
Ref. : Aspert et al, eLife, 2022
Une base de données pour l'exploration de la dynamique du cycle cellulaire d'une collection de mutations affectant le cycle cellulaire.
Un logiciel (avec interface graphique) pour l'analyse semi-automatisée d'images de microscopie en time-lapse : segmentation des cellules et d'objets sub-cellulaires, suivi de cellules, analyse de lignée, quantification de la fluorescence.
Ref. : Goulev et al, eLife, 2017
Logiciel en ligne de commande pour le suivi automatisé de la division de cellules individuelles de levure sur des images en time-lapse. Comme ce logiciel est basé sur l'architecture de PhyloCell, il nécessite PhyloCell pour fonctionner.
Une toolbox pour l'assemblage combinatoire de vecteurs d'expression dans la levure. Cette méthode n'est pas basée sur le clonage et utilise la technique d'assemblage Golden Gate. Une application a également été développée pour faciliter l'usage de cette toolbox.
Ref. : Goulev et al., Biorxiv 2019
